Klan Hyuuga merupakan salah satu dari Klan yang paling 
lama mendiami Konoha. Mereka sudah ada di sana (Konoha Village) semenjak awal pertumbuhannya. Pada masa dahulu ada seorang anak gadis dari Klan Hyuuga telah jatuh cinta dengan seorang lelaki pendatang. Gadis tersebut mengambil keputusan untuk mengawini lelaki itu meskipun mendapati tentangan dari Klannya sendiri. Sebenarnya lelaki itu bukanlah orang biasa. Bahkan lelaki ini bukan manusia sama sekali. Namanya ialah Sojobo. Dia adalah Raja Tengu
.
Terdapat dua jenis Tengu. Pertama, Tengu Karasu ( makhluk yg mirip seperti gagak serta memiliki paruh dan sayap) dan Kedua, Tengu Konoha ( atau di kenali juga sebagai Tengu Yamabushi). Sojobo ialah Tengu Konoha. Dia memiliki hidung yg panjang dan berambut putih serta sepasang sayap hitam di belakangnya. Sebagai Raja Tengu, Sojobo mempunyai beberapa kemampuan mistik. Dia membawa sejenis kipas yg di perbuat dari daun Fatsia yg bisa membangkitkan angin kuat. Dia juga mampu memindahkan (seperti teleport) dirinya atau sembarang benda dari satu tempat ke tempat lain. Dia bisa berhubungan dengan manusia melalui telepati atau bahkan merasuki jiwa serta menyebabkan mereka menjadi gila. Di samping itu, Sojobo juga mampu bertukar-rupa. Kadang2 dia sering menukar dirinya sebagai manusia untuk berhubungan dengan manusia.
Adapun, gadis tersebut telah jatuh cinta kepada Sojobo yg menyamar dalam bentuk manusia tanpa mengetahui identitas sebenarnya. Mereka kawin tidak lama selepas itu. 2 tahun kemudian, gadis itu pun telah hamil dan melahirkan anak lelaki. Sojobo menamakan anak mereka dengan nama Uchiha. Uchiha Madara. Uchiha bermakna Kipas dan ini merupakan symbol untuk clan Uchiha.
Uchiha Madara tumbuh menjadi seorang shinobi yg sangat kuat. Dia bukan saja memiliki kemampuan dari ibunya bahkan disebabkan darah Tengu di dalam badannya telah menyebabkan Mata Byakugannya telah bertukar bentuk, menjadi lebih berkemampuan. yaitu Mata Sharingan. Darah warisan yg baru ini ada dua tahap. Sharingan Biasa dan Mangekyou Sharingan. Seperti ayahnya Madara memiliki kemampuan mistik yg menakjubkan. Dia mampu mengunakan kemampuan telepati atau bergerak merentasi dimensi. Mata Sharingan biasa Madara senantiasa aktif sepanjang masa tanpa perlu menggunakan chakra. Dia juga telah menciptakan 3 jutsu yg istimewa. Tsukiyomi (teknik mengendalikan pikiran lawan/Ilusi), Amaterasu ( teknik memindahkan objek atau orang ke dimensi lain atau mengeluarkan api hitam yang bisa membakar apa saja), dan Susanoo ( teknik mengendalikan angin).Disebabkan keberaniannya dan kemampuan yg dimiliki, Madara menjadi wira kepada penduduk Konoha meskipun dia masih remaja ketika itu. Dia menjadi rekan karib Shodaime. Dan mereka bersama2 bertanggung jawab melindungi Konoha. Madara membentuk Pasukan Polisi Konoha yg pertama dan berikrar akan melindungi Konoha walaupun dengan nyawanya.
Namun ketenangan itu tidak lama, saat Madara meningkat dewasa, Sojobo mulai menjalankan niat sebenarnya. Sojobo mengawini ibu Madara bukan atas dasar cinta. Dia hanya mencari tubuh manusia yg sempurna utk di diami. Seperti Jutsu Orochimaru - dia mendapati cara yg terbaik adalah memperolehnya dari darah dagingnya sendiri. Sojobo merencanakan mengambil alih badan Madara saat dia menjadi dewasa. Madara mengetahui masalah ini. Dia merasa marah dan sangat terkejut. Dia merasa dirinya diperalat, namun dia tidak menyerah kalah dengan mudah tanpa melawan. Tetapi Madara sadar dirinya tidak setanding dengan bapanya. Lalu dia pun meminta bantuan dari Bijuu (atau di kenali sebagai Kyuubi) Kyuubi Si Dewa Api.
Kyuubi sangat kagum dengan kehebatan Madara. Satu perjanjian telah di buat dan Kyuubi setuju meminjamkan kemampuannya kepada Madara. Tidak lama kemudian Madara mampu menguasai Jurus Katon yg mengeluarkan api gelap yg membakar 7 hari 7 malam jika di aktifkan bersama Amaterasu. Walaupun dengan adanya bantuan dari Kemampuan Kyuubi, Madara hanya mampu mengalahkan Sojobo tapi tidak dapat membunuhnya. Madara pun mengurung (Teknik Seal) Sojobo dengan Jurus seal yg istimewa. Untuk membuka seal ini diperlukan Kemampuan Kyuubi serta 3 orang ahli Uchiha yg memiliki Mata Mangekyou Sharingan. Tapi Madara tidak menduga akan terjadi peristiwa berdarah di sebabkan kejadian ini di kemudian hari .
Shodaime yg tahu tentang perjanjian antara Madara dengan Kyuubi menjadi sangat marah. Shodaime menuduh Madara seorang yg haus akan kemampuan sehingga menyebabkan dia membuat perjanjian bersama Kyuubi. Madara tidak menjelaskan perkara sebenarnya karena dia tidak mau seorangpun yg tahu bahwa dia adalah manusia separuh raksasa. Konflik mula timbul antara keduanya, sehingga terjadi pertarungan yg hebat di Valley of End. (Tempat yg sama terjadi pertarungan antara Naruto dan Sasuke ).
Setelah sekian lama sejak Sojobo di kurung, darah Tengu dalam keturunan Uchiha sudah tidak seasli dulu. Ini di sebabkan perkawinan antara Klan Uchiha dengan bukan Uchiha selama beberapa generasi. Bahkan Sharingan biasa pun jarang sekali di temui kecuali pada sebahagian kecil golongan elit Klan Uchiha saja. Bahkan sejarah hitam Klan Uchiha juga telah di lupakan. Sebuah Altar Tengu telah di buat di bawah Kuil Nakano untuk menyimpan rahasia Klan Uchiha yg di sembunyikan oleh Madara ( termasuk rahsia tentang membunuh org yg tersayang utk memiliki Mangekyou Sharingan). Rahasia ini telah di ketahui beberapa orang dari Klan uchiha. Klan Uchiha beranggapan rahsia ini adalah sesuatu yg memalukan dan bersumpah akan melindunginya.
20 tahun lalu, seorang ahli Klan Uchiha telah di lahirkan. Dia kemudian membuktikan dia seorang yg istimewa untuk tahap biasa sebagai Klan Uchiha. Dia lulus akademi ninja pada umur 7 tahun, mampu mengaktifkan sharingan ketika baru berusia 8 tahun, menjadi Chunnin saat berusia 10 tahun dan menjd Commander pasukan ANBU pada usia 13 tahun. Dia bernama Uchiha Itachi. Ketika Itachi telah terpilih menjd anggota ahli ANBU, ayahnya Uchiha Fugaku merasa sudah saatnya memberitahu segala rahsia Klan uchiha. Itachi mengetahui tentang Mangekyou Sharingan serta asal-usul Klan Uchiha. Dalam pikiran Itachi timbul rencana jahat….
Pada suatu malam, semua lelaki dari Klan Uchiha harus berkumpul dlm satu musyawarah. Tetapi 2 orang tidak hadir yaitu Itachi dan Shisui. Itachi telah mengajak teman baiknya Shisui ke sungai Nakano dan melakukan rencana jahatnya. Dia membunuh Shisui pada malam itu dan memperoleh mata Mangekyou Sharingan. Pada keesokan harinya mayat Shisui telah di temui bersama sekeping nota yg menyatakan dia telah bunuh diri. Sebenarnya Itachi telah meniru tulisan Shisui untuk mengabui mata org.
Karena hidup dalam kebimbangan- bimbang rahsia Klan akan di ketahui orang, bimbang orang mengetahui Klan Uchiha adalah keturunan raksasa. Mereka sepakat utk menyimpan rahsia ini sehingga mati, Itachi tidak bersetuju. Dia melihat Klannya sudah tiada masa depan.Dia tidak paham mengapa mereka harus merasa malu tentang masa lalu mereka. Dia tidak paham mengapa Klannya tidak mengunakan keistimewaan yg di miliki. Itachi marah karena Klannya memilih jalan yg demikian.
Ketika Itachi mendengar cerita tentang asal-usul Klan Uchiha. Dia merasakan satu perasaan yg aneh, gembira dan berkemampuan. Itachi berpikir bahawa dia adalah yg paling istimewa dibanding yg lain. Dia berhasrat utk melepaskan Seal Sojobo. Dia rela mengorbankan badannya untuk mendapatkan kemampuan terhebat yg pernah di lihat.
Lalu Itachi pun melaksanakan rencananya. Bila Itachi mengetahui rencana organisasi Akatsuki yang ingin menangkap Bijuu dia mengambil keputusan utk mengikuti organisasi itu. Dia memerlukan mereka utk memperoleh kemampuan Kyuubi. Bukan itu saja, Itachi memerlukan 3 orang Mangekyou Sharingan. Itachi berhasil menemui seorang lagi Mangekyou Sharingan yg setuju utk membantunya. Sekarang dia hanya perlu seorang lagi Mangekyou Sharingan.
Itachi menyadari bahawa ahli2 Klannya tidak sanggup membunuh sahabat mereka atau org yang rapat dengan mereka untuk memiliki Mangekyou Sharingan. Tapi Itachi mendapat satu akal untuk memperalatkan mereka agar menjadikan adiknya, Sasuke sebagai Mangekyou Sharingan yg ketiga.
